第一，發(fā)行主體的差別。公司債券是由股份有限公司或有限責任公司發(fā)行的債券，我國2005年《公司法》和《證券法》對此也做了明確規(guī)定，因此，非公司制企業(yè)不得發(fā)行公司債券。企業(yè)債券是由中央政府部門所屬機構(gòu)、國有獨資企業(yè)或國有控股企業(yè)發(fā)行的債券，它對發(fā)債主體的限制比公司債券狹窄得多。在我國各類公司的數(shù)量有幾百萬家，而國有企業(yè)僅有20多萬家。在發(fā)達國家中，公司債券的發(fā)行屬公司的法定權(quán)力范疇，它無需經(jīng)政府部門審批，只需登記注冊，發(fā)行成功與否基本由市場決定；與此不同，各類政府債券的發(fā)行則需要經(jīng)過法定程序由授權(quán)機關(guān)審核批準。

　　第二，發(fā)債資金用途的差別。公司債券是公司根據(jù)經(jīng)營運作具體需要所發(fā)行的債券，它的主要用途包括固定資產(chǎn)投資、技術(shù)更新改造、改善公司資金來源的結(jié)構(gòu)、調(diào)整公司資產(chǎn)結(jié)構(gòu)、降低公司財務成本、支持公司并購和資產(chǎn)重組等等，因此，只要不違反有關(guān)制度規(guī)定，發(fā)債資金如何使用幾乎完全是發(fā)債公司自己的事務，無需政府部門關(guān)心和審批。但在我國的企業(yè)債券中，發(fā)債資金的用途主要限制在固定資產(chǎn)投資和技術(shù)革新改造方面，并與政府部門審批的項目直接相聯(lián)。

　　第三，信用基礎的差別。在市場經(jīng)濟中，發(fā)債公司的資產(chǎn)質(zhì)量、經(jīng)營狀況、盈利水平和可持續(xù)發(fā)展能力等是公司債券的信用基礎。由于各家公司的具體情況不盡相同，所以，公司債券的信用級別也相差甚多，與此對應，各家公司的債券價格和發(fā)債成本有著明顯差異。雖然，運用擔保機制可以增強公司債券的信用級別，但這一機制不是強制規(guī)定的。與此不同，我國的企業(yè)債券，不僅通過“國有”機制貫徹了政府信用，而且通過行政強制落實著擔保機制，以至于企業(yè)債券的信用級別與其他政府債券大同小異。

　　第四，管制程序的差別。在市場經(jīng)濟中，公司債券的發(fā)行通常實行登記注冊制，即只要發(fā)債公司的登記材料符合法律等制度規(guī)定，監(jiān)管機關(guān)無權(quán)限制其發(fā)債行為。在這種背景下，債券市場監(jiān)管機關(guān)的主要工作集中在審核發(fā)債登記材料的合法性、嚴格債券的信用評級、監(jiān)管發(fā)債主體的信息披露和債券市場的活動等方面。但我國企業(yè)債券的發(fā)行中，發(fā)債需經(jīng)國家發(fā)改委報國務院審批，由于擔心國有企業(yè)發(fā)債引致相關(guān)對付風險和社會問題，所以，在申請發(fā)債的相關(guān)資料中，不僅要求發(fā)債企業(yè)的債券余額不得超過凈資產(chǎn)的40%，而且要求有銀行予以擔保，以做到防控風險的萬無一失；一旦債券發(fā)行，審批部門就不再對發(fā)債主體的信用等級、信息披露和市場行為進行監(jiān)管了。這種“只管生、不管行”的現(xiàn)象，說明了這種管制機制并不符合市場機制的內(nèi)在要求。

　　第五，市場功能的差別。在發(fā)達國家中，公司債券是各類公司獲得中長期債務性資金的一個主要方式，在上世紀80年代后，又成為推進金融脫媒和利率市場化的一只重要力量。在我國，由于企業(yè)債券實際上屬政府債券，它的發(fā)行受到行政機制的嚴格控制，不僅明年的發(fā)行數(shù)額遠低于國債、央行票據(jù)和金融債券，也明顯低于股票的融資額，為此，不論在眾多的企業(yè)融資中還是在金融市場和金融體系中，它的作用都微乎其微。

　　第六，市場功能的差別。在發(fā)達國家中，公司債是各類公司獲得中長期債務性資金的一個主要方式，由于公司數(shù)量眾多，因此，其每年發(fā)行量既高于股票融資額，也高于政府債券。企業(yè)債的發(fā)行受到行政機制的嚴格控制，每年的發(fā)行額遠低于國債、央行票據(jù)和金融債券，也明顯低于股票的融資額。

　　業(yè)內(nèi)人士認為，除企業(yè)債外，公司債與政策性銀行金融債券、短期融資券等債券品種也均存在這樣或那樣的不同，因此，大力發(fā)展公司債，決不意味著取代企業(yè)債、金融債、短期融資券，而是與上述品種并立共存，發(fā)揮各自不同的作用。