考慮到司法實踐中大量的建設工程施工合同糾紛案件雙方當事人爭議最大的是工程價款的結算問題，而其中多數(shù)集中于結算依據(jù)的認定問題上，而建設部制定的建設工程施工合同格式文本中對工程竣工結算的條款約定了相應的期限和程序等條件，因此，結合合同文本約定應認定當這些條件具備時即可產生相應的法律后果。按上述格式文本合同的要求，竣工結算的流程為：

　�。�1）工程竣工驗收報告經發(fā)包人認可后28天內，承包人向發(fā)包人遞交竣工結算報告及完整的結算資料，雙方按照協(xié)議書約定的合同價款及專用條款約定的合同價款調整內容，進行工程竣工結算。

　　（2）發(fā)包人收到承包人遞交的竣工結算報告及結算資料后28天內進行核實，給予確認或者提出修改意見。發(fā)包人確認竣工結算報告通知經辦銀行向承包人支付工程竣工結算價款。承包人收到竣工結算價款后14天內將竣工工程交付發(fā)包人。

　　（3）發(fā)包人收到竣工結算報告及結算資料后28天內無正當理由不支付工程竣工結算價款，從第29天起按承包人同期向銀行按照貸款利率支付拖欠工程價款的利息，并承擔違約責任。

　�。�4）發(fā)包人收到竣工結算報告及結算資料后28天內不支付工程竣工結算價款，承包人可以催告發(fā)包人支付結算價款。。。由此，最高人民法院的相關司法解釋進一步確認了承包人在發(fā)包人收悉竣工結算文件后在約定時間內不予答復的，視為認可竣工結算文件，按雙方約定處理，即承包人可直接依據(jù)該竣工結算文件主張工程價款。

　　應注意的是，由于司法解釋在這種特定情況下推定了發(fā)包人應承擔的義務，故此對承包人提交竣工結算文件的程序要求應嚴格把握。也即：承包人必須書面遞交竣工結算文件，且不能適用留置方式;發(fā)包人方的接收人員除法人的法定代表人其他組織的主要負責人外，必須限定在其內部具有收發(fā)職權的部門或負責人，由其簽收或蓋章。此手續(xù)將在訴訟中作為承包方舉證證明發(fā)包人已經有效接受該文件的基本證據(jù)。同時，對發(fā)包人來說，若不能在約定的期限內對承包人提交的竣工結算報告全面審核認可，也必須在該期限內就其對報告內容的異議部門書面通知承包人，以回避不必要的風險。

　　2、雙方就同一建設工程另行簽訂的施工合同與經過備案的中標合同實質性內容不一致的，根據(jù)中標合同確定工程價款

　　在大型基礎設施、公用事業(yè)等依法必須進行招標建設的工程項目中，發(fā)包方和承包方在訂立合同方面的自由權利受到《招標投標》的明確限定。雙方當事人無論是出于發(fā)包方強迫、承包方要挾或串通一致，凡對同一建設工程的工程質量，工程期限以及包括墊資款在內的工程價款等核心問題在中標合同之外另行簽訂一份實際遵照執(zhí)行的施工合同的，均應予以糾正，并根據(jù)最高人民法院的司法解釋按照中標合同的約定核算工程價款。

　　應注意，凡對施工合同中的工程質量工程期限和工程價款這三項實質性內容作出變更的，只要確實屬于雙方協(xié)商一致，不侵犯國家社會公共利益或他人利益的，均應予以承認;同樣，出于設計變更，不可抗力等客觀原因，雙方經協(xié)商一致對工程質量工程期限和工程價款的在先約定作出適當合理變更的，也不應認定為背離中標合同實質性內容。