隨著 2008 年 8 月 7 日 高新技術(shù)企業(yè)認定管理網(wǎng)（ https://www.innocom.gov.cn/huojupublish/index.htm ）的再次全面開通運營，江蘇、浙江、上海等省市的高新技術(shù)企業(yè)認定工作的陸續(xù)啟動，其他省市如：北京、黑龍江、天津等省市也將于近期全面啟動認定工作，結(jié)合我們?yōu)閲鴥?nèi)數(shù)十家高新技術(shù)企業(yè)提供高新技術(shù)企業(yè)認定咨詢、策劃、輔導的實務經(jīng)驗，當前高新技術(shù)企業(yè)認定主要面臨一下困境：
一、   許多高新技術(shù)企業(yè)自主知識產(chǎn)權(quán)有問題。 
核心知識產(chǎn)權(quán)是本次高新技術(shù)企業(yè)認定的亮點之一； 2008 年 8 月 5 日下午 ，在“全國高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作視頻會議”上科技部萬鋼部長也再次強調(diào)核心自主知識產(chǎn)權(quán)是申請高新技術(shù)企業(yè)的必備核心要件之一。另外，自主知識產(chǎn)權(quán)亦是企業(yè)“其他指標”的重要評價依據(jù)之一。如果企業(yè)沒有知識產(chǎn)權(quán)，或者僅有商標權(quán)將難以通過本次高新技術(shù)企業(yè)認定。企業(yè)應該盡快采取措施進行調(diào)整，否則將難以繼續(xù)享受稅收優(yōu)惠政策。建議：通過獨家授權(quán)使用合同安排。 
二、   研發(fā)費用不足，也是企業(yè)普遍存在的問題。 
好多企業(yè)因為過去管理松散，沒有單獨核算“研發(fā)費用”，造成目前研發(fā)費用不足，成為認定高新的主要障礙，另外本次高新認定要求企業(yè)需要按照研發(fā)項目填報研發(fā)費用，如果僅有研發(fā)費用而沒有研發(fā)項目的還是達不到規(guī)定的要求。這些企業(yè)應該盡快在專業(yè)人士的協(xié)助下，做出規(guī)劃，少走彎路，提高效率。建議：企業(yè)應該設(shè)立研發(fā)中心，便于歸集研發(fā)費用。 
三、   有些企業(yè)科技和研發(fā)人員比例無法達到規(guī)定的指標，特別是有些規(guī)模較大的生產(chǎn)企業(yè)。 
盡管企業(yè)各方面都達到規(guī)定的要求，但由于企業(yè)規(guī)模龐大，生產(chǎn)技術(shù)工人較多，科技人員和研發(fā)人員的比例無法達到 30 ％、 10 ％的最低要求，這樣的企業(yè)同樣面臨困境。這樣的企業(yè)短期內(nèi)無法調(diào)整，比較麻煩。建議：要么勞務外包，要么分立生產(chǎn)環(huán)節(jié)。 
四、   關(guān)于申報資料失實的問題。 
由于本次高新認定管理辦法明確規(guī)定，高新認定中資料經(jīng)核實失實的要取消高新技術(shù)企業(yè)資格， 5 年不會受理。所以企業(yè)要策劃好自己的高新技術(shù)企業(yè)認定資料，明顯不附的風險和成本是非常巨大的。取消資格之后的工作就是稅務機關(guān)將依法追繳企業(yè)所得稅和滯納金，特別需要關(guān)注的是目前征管法沒有了漏稅的概念，只能認定為偷稅，這個風險會更大。策劃高新技術(shù)企業(yè)認定合法性是前提，空間有，風險亦非常大，必須關(guān)注。 
五、   關(guān)于通過高新技術(shù)企業(yè)認定未來 3 年復審的問題。 
目前高新技術(shù)企業(yè)證書的有效期是 3 年，因此到期后還需要重新復審，復審通過不了也就應意味著稅收優(yōu)惠到期了，那么這要求企業(yè)在策劃本次高新認定的工作中要有前瞻性，最好做成一個企業(yè)核算及運營的模型，而不是朝令夕改的處理方式，這樣才能確保未來 3 年期滿后還能認定成高新技術(shù)企業(yè)。從我們的經(jīng)驗來看，我們是結(jié)合高新認定的要求給企業(yè)做出一個可以長期操作的模型，一個目的是降低風險，一個目的是規(guī)范化。